303 / 2019-09-29 19:06:10

环糊精移动对聚轮烷体系能量影响的分子动力学模拟

聚轮烷，滑动，曲率，自由能，分子动力学

计算力学新方法，新理论 > 微纳米尺度理论与计算

聚轮烷的单链分子结构可类比为串上戒指（环糊精）的项链（聚乙二醇）。本文采用分子动力学（Molecular Dynamics, MD）的方法，模拟环糊精沿聚乙二醇链滑动，计算体系的能量变化。在聚轮烷结构中，环糊精的滑动和聚乙二醇链的曲率是影响体系能量的关键因素。模拟采用LAMMPS中的COLVARS模块对环的滑动和链的弯折进行控制，运用Metadynamics方法计算整个体系的自由能，分析了体系的能量随链曲率的变化。MD分析结果给出了体系能量变化与链曲率的函数关系，对于任意形状的长链，可以得到环在链上滑动时的能量变化。